در پیام رهبر انقلاب به مناسبت درگذشت آیت‌الله شبیری آمده است: «بی‌شک فقدان این شخصیّت ممتاز، خللی در ردیف محقّقین تراز اوّل شیعه در عصر حاضر ایجاد نموده است که شاید جبران آن مدّت‌ها به‌طول انجامد.»